新しい仕組みになると、個人はマイナポータルで金融機関から証明書の電子データを受け取り、勤め先に送る。企業も電子データをもとにネット上で確定し、税務署にもネットで申告する。金融機関や企業は新制度に合わせてシステム刷新などが求められる。個人事業主は引き続き自分で確定申告し、税務署に届け出る必要がある。
今の仕組みでは、企業の人事労務部門の事務作業や書類保管などの負担が重い。税制などが少しでも変わると間違いが頻発し、「従業員への問い合わせや訂正印を押す手間が急増する」（大手流通業の担当者）という。
経済界も長年、年末調整の廃止を含む改革を政府に求めていたが、廃止すると会社員自身の申告事務などが膨らみ現実的でない。財務省と国税庁は代わりに年末調整の電子化を提案し、経済界も「負担が大幅に軽減される」（経団連幹部）と歓迎している。
マイポータナルを使うにはマイナンバーカードの個人認証が必要。同カードの発行枚数は５月時点で１１４７万枚。普及率が１０％に満たない現状を踏まえ、ポータルの実用性を上げてカードの一段の普及を見込む。
